2009年12月10日，国家税务总局发布了《关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号），进一步明确了企业年金个人所得税的相关问题。结合国家税务总局相关负责人对该政策的解读，笔者就实务处理中几个需要注意的问题进行了归纳总结。
一、与法定保险不同
无论是法定保险或是年金，都应分为企业为个人缴纳部分与个人实际缴纳部分分别处理。
（一）个人实际缴纳部分，法定保险允许在其个人所得税前扣除，而年金则不能在个税前扣除
依据财税[2006]10号第一条规定，个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除；而国税函[2009]694号文件第二条则规定，个人缴纳年金部分不能在计算个人所得税前进行扣除。
如：王某当月工资4000元，扣除个人实际缴纳的基本养老保险、基本医疗保险费和失业保险费、公积金后余3080元，企业建立了年金制度，个人实际缴纳160元，王某当月领取工资2920元。则依据上述规定，王某虽然当月实际领取工资为2920元，但其当月应纳税所得额应为3080元（2920+160），即个人实际缴纳的160元年金部分不能作税前扣除，需要计入到其王某当月的工资薪金中计算缴纳个人所得税。
（二）企业为个人所缴纳的法定保险有免税部分，而年金应全额征收个人所得税。
依据《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）第一条规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税，但需要注意的是，对于超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税，即法定保险是有免征部分的；而国税函[2009]694号文件第二条则规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分是需要计征个人所得税的，在该文件中同时规定，年金在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
举例说明：接上例，王某当月应纳税所得额为3080元，而王某所在企业为其缴纳年金160元，则王某当月实际应缴纳个人所得税应为：
[（3080-2000）×10%-25]+160×5%=83+8=91元
即：王某当月个人所得税应缴纳91元。
二、与商业保险不同
企业为个人建立商业性补充保险或者年金时都应计算缴纳个人所得税，但其计算方法明显不同。
（一）商业保险与个人当月工资薪金所得合并适用税率
根据《财政部国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》（财税[2005]94号）相关规定，企业为职工购买商业性补充保险，应在办理投保手续时作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，按税法规定缴纳个人所得税，即：为职工建立商业补充保险时，企业缴费部分并入个人当月工资薪金所得计算缴纳个人所得税。
（二）年金单独适用税率
根据上例的计算结果，明显看出，计算方法上年金与普通的补充保险或者其他商业保险不同之处在于其适用税率的选择。
年金应视为个人一个月的工资、薪金，这部分工资并不与正常工资、薪金合并，也不扣除任何费用，而是单独按照“工资、薪金所得”.项目计算当期应纳个人所得税款，因而，年金的特殊算法实际上体现出了国家对于企业建立年金制度的一种鼓励态度。
三、年金的适用条件
企业在实际操作中尤其需要注意的是，可以采取年金计算方法的应为符合《企业年金试行办法》中相关条件的部分，并非所有的补充养老保险都可以采用年金的方法去进行计算缴纳个人所得税。
此外，根据《企业年金试行办法》（中华人民共和国劳动和社会保障部令第20号）第八条“企业缴费每年不超过本企业上年度职工工资总额的十二分之一。企业和职工个人缴费合计一般不超过本企业上年度职工工资总额的六分之一。”
