新办法与老办法相比，变化最大的是第八项，老办法的第八项是：高新技术改造传统产业。
企业应根据自己的情况和新办法对有关领域的具体规定，严格对照，审视自己的产品（服务）是否在规定的领域之内。
二、认定程序的变化
新办法的认定程序与老办法相比，没有太大变化，都是企业申请，专家评审，审查认定。值得注意的变化有两点：一是缩短了公示时间，老办法的公示时间是15日，新办法的公示时间是10日。二是增加了提交申请的资料。
新办法规定，申请时提交下列材料：
1. 高新技术企业认定申请书；
2. 证明企业依法成立的相关注册登记证件；
3. 知识产权相关材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料；
4. 企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料；
5. 企业职工和科技人员情况说明材料；
6. 经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
7. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
8. 近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
与老办法相比，第4项和第8项资料，属于新增加的。第4项资料，便于审查人员判断企业的高新技术产品是否属于鼓励的高新技术领域，第8项指标，便于审查人员判定申请的资料，与提交税局的资料，是否一致。
三、高新技术企业应注意的事项
已经取得高新技术企业资格的企业，准备申请高新技术资格的企业，应注意以下事项，以免造成不必要的损失：
（一）证书有效期3年，但优惠资格年审
尽管高新技术企业资格证书的有效期是3年，但是在证书有效期内，只有每年都符合高新技术的各项条件，才能享受当年的高新技术企业所得税优惠，从企业所得税年度纳税申报表的附表---高新技术企业优惠情况及明细表（A107041）就可以看出，纳税人需要逐项填写高新技术企业要求的有关条件，因此，享受优惠，实际是年审制，一年一项指标不合格，即使高新技术企业证书仍在有效期，也不能享受优惠。
（二）跟踪各项指标，实施动态管理
已经取得证书的企业，为避免丧失优惠资格，应密切跟踪自己的各项指标，凡是因收入变化、人员变化等因素，可能导致有关指标不符合要求时，应及早采取措施，通过适当的安排，保证自己的各项指标满足要求。
最好能每月或每季进行测算，及时检验各项指标的偏离程度，设置预警值，一旦发生危险，立刻采取措施。
（三）适当税收筹划，充分享受优惠
许多企业有国家鼓励的产品和技术，也有相应的收入，但是因规模太大，算总账，难以享受优惠，这就可以考虑将有关的技术、产品、人员等分立，成立一新的企业，使新企业满足高新技术企业的条件，申请高新技术企业资格。
如果某个关联企业是高新技术企业，可以通过关联交易，尽量充分地享受优惠。税法并不禁止关联交易，只要关联交易符合独立交易原则，税局也认可并不做调整。
