该文件要求分别核算增值额，但怎样核算并未做出具体要求。现实工作中没有一个开发企业的会计人员在帐务处理上是分层核算成本费用的。计算方法一是分别核算，确切地讲是分摊核算，符合财税字[1995]048号文件的精神；而方法二是以核算对象整栋楼为单位进行的核算。
《土地增值税暂行条例实施细则》（下称《实施细则》）第8条规定：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。这一规定与计算方法二计算土地增值税的方法相吻合，从法律位阶来讲，税收法规要高于税收规章和规范性文件，因此计算方法二是可取的。需要注意的是，如果纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，按方法二计算出的增值率未超过20%的，应对其非普通住宅的部分按税法的规定分摊成本费用计算相应的土地增值税。
《国家税务总局关于加强房地产开发企业土地增值税清算管理工作的通知》第1条规定：“土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算，其核算项目或核算对象是指房地产主管部门审批的开发项目。土地增值税原则上按纳税人开发的不同类型房地产分别清算”。这里所讲的“清算”就是先按核算对象即方法二计算出增值率判定土地增值税税率，确定征免对象，然后在不同类型房地产之间分摊相关成本费用，分别清算应缴纳税款。
七、充分运用加计扣除政策
《实施细则》规定，对从事房地产开发的纳税人允许按取得土地使用权时所支付的金额和房地产开发成本之和，加计20%的扣除。
土地增值税扣除项目中开发间接费用的归集是企业筹划时值得关注的一个点。开发间接费用是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。《实施细则》规定开发间接费用属于开发土地和新建房及配套设施费，应全额计入扣除项目金额中，在计算土地增值税时有效地扣除；同时还规定这部分费用房地产企业可以享受20%的加计扣除。这些内容由于界线不是很明确，会计账务处理时容易把这项费用的一部分计入管理费用或销售费用。《实施细则》规定管理费用及销售费用在土地使用权所支付的金额和开发土地、新建房及配套设施之和的5%以内计算扣除（或财务费用、销售费用、管理费用在土地使用权所支付的金额和开发土地、新建房及配套设施之和的10%以内计算扣除）。如果管理费用及销售费用总和超过了此限额，管理费用和销售费用的开发间接费用在计算土地增值税时就不能全额扣除，会多交土地增值税。这些费用如果正确归集到开发间接费用中，不仅可以全额扣除，还能享受20%加计扣除。所以企业对开发间接费用归集时要谨慎，用足、用好税收政策。
