违反常规的利息支出不允许扣除
土地增值税暂行条例实施细则第七条（三）第二款规定，财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊，并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）第八条规定，（一）利息的上浮幅度按国家的有关规定执行，超过上浮幅度的部分不允许扣除；（二）对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。对上述规定，纳税人应特别注意财务费用中只有提供了金融机构证明的不含逾期利息和罚息的利息支出，才允许土地增值税前扣除。言外之意，房地产开发企业从非金融机构取得的借款利息，如果不能提供金融机构证明的，即使能够按转让房地产项目计算分摊并按规定计入财务费用，也不能在土地增值税前扣除。
未实际支付的利息支出不允许扣除
《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）第二十一条规定，（一）在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。（二）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。（三）扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。（四）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。（五）纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。（六）对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。税收征管法第十九条规定，纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的法规设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算。《国家税务总局关于进一步加强普通发票管理工作的通知》（国税发〔2008〕80号）规定，在日常检查中发现纳税人使用不符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销。依据上述规定，纳税人已实际支付的利息且能够提供真实、合法、有效的支付凭据，才可按照规定在土地增值税税前扣除。否则，未实际支付的或没有合法凭据的利息支出，都不允许扣除。
