审核前期工程费、基础设施费时应当重点关注：前期工程费、基础设施费是否真实发生，是否存在虚列情形。是否将房地产开发费用记入前期工程费、基础设施费。多个(或分期)项目共同发生的前期工程费、基础设施费，是否按项目合理分摊。
审核公共配套设施费时应当重点关注：公共配套设施的界定是否准确，公共配套设施费是否真实发生，有无预提的公共配套设施费情况；是否将房地产开发费用记入公共配套设施费；多个(或分期)项目共同发生的公共配套设施费，是否按项目合理分摊。
审核建筑安装工程费时应当重点关注：发生的费用是否与决算报告、审计报告、工程结算报告、工程施工合同记载的内容相符。房地产开发企业自购建筑材料时，自购建材费用是否重复计算扣除项目。参照当地当期同类开发项目单位平均建安成本或当地建设部门公布的单位定额成本，验证建筑安装工程费支出是否存在异常。房地产开发企业采用自营方式自行施工建设的，还应当关注有无虚列、多列施工人工费、材料费、机械使用费等情况。建筑安装发票是否在项目所在地税务机关开具。
审核开发间接费用时应当重点关注：是否存在将企业行政管理部门(总部)为组织和管理生产经营活动而发生的管理费用记入开发间接费用的情形。开发间接费用是否真实发生，有无预提开发间接费用的情况，取得的凭证是否合法有效。
审核利息支出时应当重点关注：是否将利息支出从房地产开发成本中调整至开发费用；分期开发项目或者同时开发多个项目的，其取得的一般性贷款的利息支出，是否按照项目合理分摊；利用闲置专项借款对外投资取得收益，其收益是否冲减利息支出。
在审核收入和扣除项目时，应重点关注关联企业交易是否按照公允价值和营业常规进行业务往来。应当关注企业大额应付款余额，审核交易行为是否真实。对纳税人委托中介机构审核鉴证的清算项目，主管税务机关未采信或部分未采信鉴证报告的，应当告知其理由。
在土地增值税清算过程中，发现纳税人符合核定征收条件的，应按核定征收方式对房地产项目进行清算。符合核定征收条件的，由主管税务机关发出核定征收的税务事项告知书后，税务人员对房地产项目开展土地增值税核定征收核查，经主管税务机关审核合议，通知纳税人申报缴纳应补缴税款或办理退税。
