2、应用控制则指对计算机会计信息系统中具体的数据处理功能的控制。应用控制具有特殊性，不同的应用系统有不同的处理方式和处理环节，因而有不同的控制问题和控制要求。但是，一般来说，计算机会计信息系统的应用控制包括以下几项控制：
输入控制：常用的控制方法包括：建立科目名称与代码对照文件，以防止会计科目输错；设计科目代码校验，以保证会计科目代码输入的正确性；设立对应关系参照文件，用来判断对应账户是否发生错误；试算平衡控制，对每笔分录和借贷方进行平衡校验．防止输入金额出错；顺序检查法，防止凭证编号重复；二次输入法，将数据先后两次输入或同时由两人分别输入，经对比后确定输入是否正确等。
处理控制：常用的控制措施包括：登账条件检验，即系统要有确认数据经复核后才能登账的控制能力；防错、纠错控制，即系统要有防止或及时发现在处理过程中数据丢失、重复或出错的控制措施；修改权限与修改痕迹控制，即对已人账的凭证，系统只能提供留有痕迹控制，即对已人账的凭证，系统只能提供留有痕迹的更改功能，对已结账的凭证与账簿以及计算机内账簿生成的报表数据，系统不提供更改功能等。
输出结果控制：控制措施包括：控制只有具有相应权限的人才能执行输出操作，并要登记操作记录，从而达到限制接触输出信息的目的；打印输出的资料要进行登记，并按会计档案要求保管。
